回折データの処理

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はじめに

現在BL45PXでは以下の処理ソフトが利用可能です。インストールされているPCについてはこちら
HKL2000、Crystal Clear、CCP4、xfit

１．HKL2000での処理

bl45pxl1、bl45pxl2にインストールされています。
詳細はオリジナルのWeb Pageをご参照ください。

"HKL2000"はRaxisV、Jupiter210それぞれにあわせた設定を用意してあります。
（ただしJupiter210ではd*trekフォーマットを選択のこと）
起動時の選択画面で測定に用いた検出器を選択してください。

もし、Jupiter210でR-AXISフォーマットで測定した場合は、"HKL2000"起動時の選択画面でRaxisVを選択するとイメージを読むことができます。
ただし、RaxisVとJupiter210ではピクセルサイズが違うためそのままではうまくいきません。

	RaxisV	Jupiter210
ピクセルサイズ	100um×100um	51um×51um

２．Crystal Clearでの処理

bl45pxw2にインストールされています。

３．DENZO / SCALEPACKでの処理（データを持ち帰って処理する場合）

ここで述べる方法にはMSCのJim Pflugrath博士によるスクリプト集を改変して使っています。 ここではスクリプトの使い方を述べるに止めます。詳細はオリジナルのWeb Pageをご参照ください。また、 本ビームラインでは、R-AXISで収集したイメージを保存するディレクトリに"DATA.LOG"ファイル としてデータ収集の履歴を記録していますので、イメージファイルのヘッダー内容を参照することなく 露光条件が分かります。
R-AXIS Vのデータは4000x4000ピクセルです。R-AXIS IVサポートの DENZO/XDISPでは、直接読み込むことはできません。

• 自動指数付け (スクリプト: setup.input, autoindex.input)
• % xdisp raxis4 100 <image_file_name> &
  でxdispを起動し、ピークサーチを行う。
• % denzo
  @setup.input
  @autoindex.input
  で指数付けを行う。
• 反射強度計算 (スクリプト: denzo.com, setup.input, integrate.input, refine.input)
• 上で得られたパラメータをsetup.inputに反映させる。
• 精密化スクリプト(refine.input)を分解能に応じて変更する。
• % ./denzo.com > denzo.log &
  で処理を行う。
• ポストリファインメントとスケール因子の決定 (スクリプト: scale.com)
• scale.comを適宜編集。異常分散項の寄与を含めるかなどを確認。
• % rm reject
  % ./scale.com > scale.log_1
  % ./scale.com > scale.log_2
  で処理を行う。1回目で計算から省く反射を得、2回目はそれを元に再計算する。
• 必要に応じてpostrefinementの結果を元に、反射強度計算に戻る。

　3.1　インバースビームジオメトリで収集した場合のDENZO / SCALEPACKでの処理

イメージファイルを表・裏の2セットに別けて処理を行います。つまり、crystデータセットシリーズが

cryst001.osc, cryst002.osc, cryst003.osc, cryst004.osc, ...

となっているとき、奇数番は表、偶数番は裏にあたるので、

% ln -sf cryst001.osc crysta001.osc
% ln -sf cryst002.osc crystb001.osc
% ln -sf cryst003.osc crysta002.osc
% ln -sf cryst004.osc crystb002.osc

としてリンクを張っていけば、crystaシリーズとcrystbシリーズは通常の振動写真のセットになって、 ふつうに処理できます。これを行うのが2つのスクリプト(invln.csh, lninv.csh)です。このときcrystbシリーズは同じミスセット角を持ち、振動開始位置がcrystaシリーズの それに180度を加えた値になります。また、MADでの収集の場合、すべてのシリーズを同じミスセット角で 処理を開始すると手系の問題が回避できます。

• 反射強度の計算を行う前に、invln.cshスクリプトを使って表・裏を それぞれ振り分ける。ファイル名やフレーム数について変更してから実行する。
• 反射強度計算が済んだら、.xファイルを一本化するためにlninv.cshスクリプト を使います。これは元の番号に戻すのではなく、単に2つのシリーズをつなぐものです。実行にあたっては、 ファイル名とフレーム数に付いての編集が必要です。
• そのほかは、通常の場合と変わりません。

４．XDSでの処理（データを持ち帰って処理する場合）

XDSはWolfgang Kabsch博士 (Max Planck Institute for Medical Research)によって開発されているプログラムです。 自動処理や3-D プロファイルフィッティングに特徴があります。直接メールを書けば、 入手方法を教えて貰えます。(ftpサーバーからダウンロードする。)
このパッケージは８つの実行型式からなっています (README)が、 入力ファイル(XDS.INP)を編集し、コマンドラインから

% xds

と入力すると、スケーリングまで自動で流れます。 指数付けは、事前に空間群と格子定数がわかっている場合はそれを入力しておく ほうがよいようです。未知の場合も扱えますが、その場合はP1として処理がすすみます。
CCDなどの場合は画像補正用のイメージ(Dark, Grid Patternなど)を用意すると、 それに従って補正されます。

• プログラムxplanは、データ収集のストラテジーを教えてくれます。数枚のイメージを 処理して、それによって得られた結果から、最適な収集法を提示します。
• プログラムxscaleは、XDSの最終ファイル(スケールされているがマージされていない) をマージするのに使います。MAD実験のように複数の データがあるときにも対応しています。
• プログラムxdsconvは、他のプログラム用に出力ファイルを変換するのに使います。
• プログラム2pckは、CCP4にもある画像ファイル圧縮ルーチンを使って、圧縮ファイル(.pck)を 作ります。 これで圧縮したファイルはそのままXDSで使えます。XDSでは、他にcompress(.Z)、gzip(.gz)で 圧縮したファイルもそのまま扱えます。
• プログラムVIEWは、表示用ソフトです。処理中に随時更新される幾つかの.pckファイルを表示すると その時点での処理の様子が分かります。バイトオーダーを自動認識しないので確認してください。

５．DPS/MOSFLMでの処理（データを持ち帰って処理する場合）

こちらのページをご覧ください。

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